Tam tikruose regionuose, tokiuose kaip pietų Indija, induistų karalystės laikėsi musulmonų potvynio ir netgi priešinosi tam. Subkontinentas taip pat susidūrė su garsių Vidurinės Azijos užkariautojų invazijomis Čingischanas, kuris nebuvo musulmonas, ir Timūras arba Tamerlane'as, kuris buvo.
Šis laikotarpis buvo „Mughal“ eros (1526–1857) pirmtakas. Mogolų imperija įsteigė Baburas, musulmonų princas, kilęs iš Uzbekistano. Vėlesniuose Mughals, ypač Akbaras Didysis, musulmonų imperatoriai ir jų induistai turėjo precedento neturintį supratimą ir sukūrė gražią ir klestinčią daugiakultūrę, daugiatautę ir religiškai skirtingą valstybę.
1206 m., Buvęs Mamlukas vergas, vardu Qutbubuddin Aibak, užkariavo šiaurės Indiją ir įkūrė karalystę. Jis pasivadino Delio sultonu. Aibakas, kaip ir trys iš kitų keturių Delio sultonatų, buvo centrinės Azijos tiurkų kalbėtojas. Iki 1526 m. Didžiąją Šiaurės Indijos dalį valdė penkios musulmonų sultonų dinastijos Baburas nuskrido iš Afganistano ir rado Mughalų dinastiją.
1221 m. Sultonas Jalal ad-Din Mingburnu pabėgo iš savo sostinės Samarkande, Uzbekistane. Jo Khwarezmid imperija buvo patekusi į besivystančią Čingischano armiją, o jo tėvas buvo nužudytas, todėl naujasis sultonas pabėgo į pietus ir rytus į Indiją. Prie Indo upės, dabartiniame Pakistane, mongolai sugavo Mingburną ir 50 000 jo likusių karių. Mongolų armija buvo tik 30 000 stiprių, tačiau ji prispaudė persus prie upės kranto ir juos sunaikino. Gali būti lengva apgailestauti dėl sultono, bet jo tėvo sprendimas nužudyti Mongolio pasiuntinius buvo tiesioginė kibirkštis, kad užskaitė mongolų užkariavimus Vidurinėje Azijoje ir už jos ribų.
Pietų Indijos Chola dinastija turėjo vieną ilgiausių bet kurios dinastijos gyvavimo istoriją žmonijos istorijoje. Buvo įkurtas 300 m. Prieš mūsų erą, jis tęsėsi iki 1250 m. CE. Nėra vieno lemiamo mūšio įrašo; veikiau kaimyninė Pandžano imperija tiesiog sustiprėjo ir darė tokią įtaką, kad nustelbė ir palaipsniui užgesino senovės Chola politetą. Šios induistų karalystės buvo pakankamai toli į pietus, kad išvengtų musulmonų užkariautojų, vykstančių iš Vidurinės Azijos, įtakos.
1290 m. Delyje sumažėjo Mamlukų dinastija, o jos vietoje iškilo Khilji dinastija, kuri tapo antrąja iš penkių šeimų, valdančių Delio sultonatą. Khilji dinastija valdžią užkabins tik iki 1320 m.
Per neilgą 30 metų valdymą Khilji dinastija sėkmingai atitolino daugybę įsibrovimų iš Mongolų imperijos. Paskutinis lemiamas mūšis, pasibaigęs mongolų bandymais užimti Indiją, buvo Jalandharo mūšis 1298 m., Per kurį Khilji armija paskerdė apie 20 000 mongolų ir išvežė išgyvenusius iš Indijos Gerai.
1320 m. Delhi Sultonato valdymą pradėjo nauja mišraus tiurkų ir indų kraujo grupė, pradedant Tughlaq dinastijos laikotarpiui. Ghazi Maliko įkurta Tughlaq dinastija išsiplėtė į pietus per Dekano plokščiakalnį ir pirmą kartą užkariavo didžiąją Pietų Indijos dalį. Tačiau šie teritoriniai laimėjimai truko neilgai. Iki 1335 m. Delio sultonatas susitraukė atgal į įpratintą rajoną šiaurės Indijoje.
Įdomu tai, kad garsus Maroko keliautojas Ibn Battuta tarnavo kaip qadi arba islamo teisėjas Ghazi Maliko teisme, kuris buvo paėmęs sosto vardą Ghyasuddin Tughlaq. Jam nepadarė palankumo naujasis Indijos valdovas, apgailestaudamas dėl įvairių kankinimų žmonių, nemokėjusių mokesčių, įskaitant išpūtė akis ar išlydytą šviną gerklės. Ibn Battuta buvo ypač pasibaisėjęs, kad šie siaubai buvo daromi prieš musulmonus ir neištikimus asmenis.
„Tughlaq“ galiai greitai nuslūgus Indijos pietuose, nauja induistų imperija suskubo užpildyti galios vakuumą. Vijayanagaros imperija valdys daugiau nei tris šimtus metų nuo Karnatakos. Tai pietų Indijai atnešė precedento neturinčią vienybę, pagrįstą daugiausia indų solidarumu susidūrus su suvokiama musulmonų grėsme šiaurėje.
Nors Vijayanagara sugebėjo suvienyti didžiąją pietų Indijos dalį, jie netrukus prarado derlingą Dekano plokščiakalnį, kuris driekiasi per žemyno juosmenį, naujam musulmonų sultonatei. „Bahmani Sultanate“ įkūrė Turkijos sukilėlis prieš „Tughlaq“, vadinamą „Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah“. Jis sulaikė dekaną atokiau nuo Vijayanagaros, o jo sultonatas išliko stiprus daugiau nei šimtmetį. Tačiau 1480-aisiais Bahmani sultonatas smarkiai krito. Iki 1512 m. Buvo nutraukti penki mažesni sultonatai. Po penkiolikos metų centrinės Bahmanio valstybės nebeliko. Nesuskaičiuojamuose mūšiuose ir susipriešinimuose mažosioms valstybėms įpėdinėms pavyko išvengti visiško Vijajanagaro imperijos pralaimėjimo. Tačiau 1686 metais negailestingas imperatorius Aurengzebas Mughalų užkariavo paskutinius Bahmani sultonato likučius.
Madurajaus sultonatas, dar žinomas kaip Mabaro sultonas, buvo dar vienas tiurkų valdomas regionas, kuris išsilaisvino iš Delio sultonato. Įsikūręs toli į pietus, Tamil Nadu, Madurai sultonatas truko tik 48 metus, kol jį užkariavo Vijajanagaros karalystė.
Delhi Sultonato Tughlaq dinastijos kraujas ir chaosas baigėsi keturioliktu vakarų kalendoriaus amžiumi. Kraujo ištroškęs užkariautojas Timūras, dar žinomas kaip Tamerlane, įsiveržė į šiaurės Indiją ir vienas po kito ėmė užkariauti Tughlaqs miestus. Nukentėjusių miestų gyventojai buvo žudomi, jų nukirstos galvos supilamos į piramides. 1398 m. Gruodžio mėn. Timūras užėmė Delį, apiplėšdamas miestą ir skerdydamas jo gyventojus. Tughlakai valdė valdžią iki 1414 m., Tačiau jų sostinė daugiau nei šimtmetį neatsigavo po Timūro teroro.