Amino rūgštys yra tam tikros rūšies organinės rūgštys, turinčios ir karboksilo grupę (COOH), ir amino grupę (NH2). Žemiau pateikiama bendroji aminorūgšties formulė. Nors paprastai rašoma apie neutraliai įkrautą struktūrą, ji netiksli, nes rūgštus COOH ir bazinis NH2 grupės reaguoja viena su kita, sudarydamos vidinę druską, vadinamą zwitterion. Cwitterion neturi grynojo mokesčio; yra vienas neigiamas (COO-) ir vienas teigiamas (NH3+) mokestis.
Yra 20 amino rūgščių, gautų iš baltymai. Nors yra keletas būdų juos suskirstyti į kategorijas, vienas iš labiausiai paplitusių yra juos sugrupuoti pagal jų šoninių grandinių pobūdį.
Yra aštuoni amino rūgštys su nepolinėmis šoninėmis grandinėmis. Glicinas, alaninas ir prolinas turi mažas nepolines šonines grandines ir visi yra silpnai hidrofobiniai. Fenilalaninas, valinas, leucinas, izoleucinas ir metioninas turi didesnes šonines grandines ir yra stipriau hidrofobiniai.
Taip pat yra aštuonios aminorūgštys su polinėmis, neįkrautomis šoninėmis grandinėmis. Serinas ir treoninas turi hidroksilo grupes. Asparaginas ir glutaminas turi amidų grupes. Histidinas ir triptofanas turi heterociklinių aromatinių aminų šonines grandines. Cisteinas turi sulfhidrilo grupę. Tirozinas turi fenolinę šoninę grandinę. Cisteino sulfhidrilo grupė, tirozino fenolio hidroksilo grupė ir histidino imidazolo grupė rodo tam tikrą jonizacijos laipsnį, priklausomą nuo pH.
Yra keturios aminorūgštys su įkrautomis šoninėmis grandinėmis. Asparto rūgšties ir glutamo rūgšties šoninės grandinės turi karboksilo grupes. Kiekviena rūgštis yra visiškai jonizuota, kai pH 7,4. Argininas ir lizinas turi šonines grandines su amino grupėmis. Jų šoninės grandinės yra visiškai protonizuotos, kai pH 7,4.