Izomerai yra molekulės, turinčios tą patį cheminė formulė tačiau atskiri atomai erdvėje išdėstyti skirtingai. Geometrinis izomerizmas susijęs su izomerų rūšimi, kai atskiri atomai yra ta pačia tvarka, tačiau sugeba išdėstyti save skirtingai. Prefiksai cis- ir trans- yra naudojami chemijoje apibūdinant geometrinį izomerizmą.
Ši molekulė yra 1,2-dichloretanas (C2H4Kl2). Žali rutuliai žymi chloro atomus molekulėje. Antrasis modelis gali būti suformuotas sukant molekulė aplink centrinę anglies-anglies jungtį. Abu modeliai žymi tą pačią molekulę ir yra ne izomerai.
Šios molekulės yra 1,2-dichloretenas (C2H2Kl2). Skirtumas tarp šių ir 1,2-dichloretano yra tas, kad du vandenilio atomai yra pakeisti papildomu ryšiu tarp dviejų anglies atomų. Dvigubos jungtys susidaro, kai p orbitalės tarp dviejų atomų sutampa. Jei atomas būtų susuktas, šie orbitalės nebepersidengtų ir jungtis nutrūktų. Dvigubas anglies-anglies ryšys apsaugo nuo laisvo atomų sukimosi molekulėse. Šios dvi molekulės turi tuos pačius atomus, bet yra skirtingos molekulės. Jie yra geometriniai izomerai vienas kito.
Geometrinėje izomerų nomenklatūroje priešdėlis cis- ir trans- naudojami siekiant nustatyti, kurioje dvigubosios jungties pusėje yra panašūs atomai. Cis priešdėlis yra iš lotynų kalbos, reiškiantis „šioje pusėje“. Šiuo atveju chloro atomai yra toje pačioje anglies-anglies dvigubo jungties pusėje. Šis izomeras vadinamas cis-1,2-dichloretenu.
Prefiksas iš lotynų kalbos reiškia „skersai“. Šiuo atveju chloro atomai yra dviguboje jungtyje vienas nuo kito. Šis izomeras vadinamas trans-1,2-dichloretenu.
Alicikliniai junginiai yra be aromatinių žiedų molekulių. Kai du pakaitų atomai arba grupės lenkiasi ta pačia kryptimi, molekulė yra pažymėta cis-. Ši molekulė yra cis-1,2-dichlorcikloheksanas.
Cis- ir trans-izomerų fizikinės savybės yra labai skirtingos. Cisomerai turi aukštesnę virimo temperatūrą nei jų transpartoriai. Transizomerų paprastai būna mažiau lydymosi taškai ir turi mažesnį tankį nei jų cisternos. Cis- izomerai surenka krūvį vienoje molekulės pusėje, suteikdami molekulę bendram poliniam efektui. Transizomerai subalansuoja atskirus dipolius ir turi nepoliarų polinkį.
Stereoizomerai gali būti apibūdinami naudojant ne tik cis- ir trans-. Pavyzdžiui, E / Z izomerai yra konfigūracijos izomerai, turintys bet kokį sukimosi apribojimą. Junginiams, turintiems daugiau nei du pakaitus, vietoj cis-trans naudojama E-Z sistema. Kai vardai naudojami, E ir Z rašomi kursyvu.