Remiantis jo biografija, Filadelfijos vaistininkas Charlesas Elmeris Hiresas savo medaus mėnesiui Naujajame Džersyje atrado skanaus tisano - vaistažolių arbatos formos - receptą. Neilgai trukus jis pradėjo prekiauti sausu arbatos mišinio variantu, tačiau jis turėjo būti sumaišytas su vandeniu, cukrumi ir mielėmis ir paliktas fermentuoti, kad vyktų karbonizacijos procesas.
Jo draugo Russello Conwello (Templio universiteto įkūrėjo) siūlymu, Nuomos tarnybos pradėjo kurti skystą preparatą gazuotas šakninio alaus gėrimas, kuris būtų patrauklesnis masėms. Rezultatas buvo daugiau nei 25 vaistažolių, uogų ir šaknų derinys, kurį samdė karbonizuotas sodos vanduo. Primygtinai reikalaujant Conwell, 1876 m. Filadelfijos šimtmečio parodoje visuomenė pristatė savo šakninio alaus versiją. Nuomos „šakninis alus“ buvo hitas. 1893 m. Hires šeima pirmą kartą pardavė ir išplatino buteliuose išpilstytą šakninį alų.
Nors Charlesas Hiresas ir jo šeima labai prisidėjo prie modernaus šakninio alaus populiarumo, jo kilmę galima atsekti iki ikikolonijinių laikų, per kuriuos vietinės gentys iš sassafros dažniausiai gamindavo gėrimus ir vaistus šaknys. Šakninis alus, kokį mes šiandien žinome, yra kilęs iš „mažo alaus“, gėrimų kolekcijos (kai kurios alkoholinės, kitos ne)
Amerikos kolonistai naudodamiesi tuo, ką turėjo po ranka. Aliejai buvo skirtingi pagal regioną ir buvo pagardinti vietoje auginamomis žolelėmis, žievėmis ir šaknimis. Tradicinis mažas alus buvo beržo alus, sarsaparilla, imbierinis alus ir šakninis alus.Šių laikų šakninio alaus receptuose buvo įvairių ingredientų, tokių kaip saldžiųjų prieskonių, beržo žievės, kalendros, kadagio, imbiero, žieminių žolių, apynių, varnalėšų šaknų, kiaulpienių šaknų, derinių, spikenardas, pipsissewa, guaiacum traškučiai, sarsaparilla, prieskoninė mediena, laukinės vyšnios žievė, geltonasis dokas, dygliuotų pelenų žievė, sassafros šaknis, vanilės pupelės, apyniai, šunų žolė, melasa ir saldymedis. Daugybė šių ingredientų vis dar naudojami šakniastiebiuose ir pridedama karbonizacijos. Vieno šakninio alaus recepto nėra.
1960 m JAV maisto ir vaistų administracija uždraudė sassafros kaip galimas kancerogenas. „Sassafras“ yra vienas iš pagrindinių aromatinių ingredientų šakniniame aluje. Tačiau buvo nustatyta, kad potencialiai pavojingas augalo elementas buvo rastas tik aliejuje. Kai buvo rastas metodas kenksmingam aliejui išgauti iš sassafros, sassafras galėjo būti toliau naudojamas be kenksmingo poveikio.
Kaip ir kitus gaiviuosius gėrimus, mokslo bendruomenė klasikinį šakninį alų klasifikuoja kaip cukrumi saldintą gėrimą arba SSB. Tyrimais SSB buvo susieti su daugeliu sveikatos problemų, įskaitant nutukimą, hipertenziją, 2 tipo diabetą ir dantų ėduonį. Net nesaldinti gėrimai, jei jų suvartojama per daug, gali neigiamai paveikti sveikatą.