Šie pašaliniai įsibrovėliai arba antigenai apima bet kokią medžiagą ar organizmą, sukeliantį imuninį atsaką.
Antikūnai atpažįsta specifinius antigenus, identifikuodami tam tikras antigeno paviršiaus sritis, žinomas kaip antigeniniai determinantai. Kai bus atpažintas specifinis antigeninis determinantas, antikūnas prisijungs prie determinanto. Antigenas pažymėtas kaip įsibrovėlis ir paženklintas sunaikinimu kitoms imuninėms ląstelėms. Antikūnai apsaugo nuo medžiagų prieš ląstelė infekcija.
Plazmos ląstelės sukuria antikūnus, būdingus tam tikram antigenui. Plazmos ląstelės generuoja antikūnus, būtinus imuninės sistemos šakai, vadinamai humoraline imunine sistema. Humoralinis imunitetas priklauso nuo antikūnų cirkuliacijos kūno skysčiuose ir kraujo serume, kad būtų galima identifikuoti ir neutralizuoti antigenus.
Kai organizme aptinkamas nepažįstamas antigenas, gali praeiti iki dviejų savaičių, kol plazmos ląstelės gali sukurti pakankamai antikūnų, kad galėtų neutralizuoti specifinį antigeną. Kai infekcija yra kontroliuojama, antikūnų gamyba mažėja, o nedidelis antikūnų pavyzdys išlieka apyvartoje. Jei šis konkretus antigenas vėl pasirodys, antikūnų atsakas bus daug greitesnis ir stipresnis.
Dvi lengvosios grandinės yra tapačios viena kitai, o dvi sunkiosios grandinės yra tapačios. Sunkiųjų ir lengvųjų grandinių galuose, Y formos struktūrą sudarančiose vietose, yra regionai, vadinami antigenais.
Antigeną surišanti vieta yra antikūno sritis, kuri atpažįsta specifinį antigeninį determinantą ir jungiasi prie antigeno. Kadangi skirtingi antikūnai atpažįsta skirtingus antigenus, skirtingų antikūnų antigeno surišimo vietos yra skirtingos. Ši molekulės sritis yra žinoma kaip kintama sritis. Y formos molekulės stiebas yra suformuotas ilgesnėje sunkiųjų grandinių srityje. Šis regionas vadinamas pastoviu regionu.
Yra penkios pagrindinės antikūnų klasės, kiekviena klasė vaidina savitą vaidmenį žmogaus imuniniame atsake. Šios klasės yra identifikuojamos kaip IgG, IgM, IgA, IgD ir IgE. Imunoglobulino klasės skiriasi kiekvienos molekulės sunkiųjų grandinių struktūra.
Taip pat yra keletas imunoglobulinų poklasių žmonėms. Poklasių skirtumai grindžiami nedideliais tos pačios klasės antikūnų sunkiųjų grandinių vienetų skirtumais. Imunoglobulinuose randamos lengvosios grandinės egzistuoja dviem pagrindinėmis formomis. Šie lengvųjų grandinių tipai yra identifikuojami kaip kappa ir lambda grandinės.