Kaip ir kiti organizmai, augalų ląstelės yra sugrupuoti į įvairius audinius. Šie audiniai gali būti paprasti, sudaryti iš vienos rūšies ląstelių arba sudėtingi, sudaryti iš daugiau nei vieno tipo ląstelių. Virš ir už audinių augalai taip pat turi aukštesnį struktūros lygį, vadinamą augalų audinių sistemomis. Yra trijų tipų augalų audinių sistemos: derminio, kraujagyslinio ir žemės audinių sistemos.
Derminio audinio sistemą sudaro: epidermis ir peridermas. Epidermis paprastai yra vienas glaudžiai supakuotų ląstelių sluoksnis. Tai tiek dengia, tiek apsaugo augalą. Tai gali būti laikoma augalo „oda“. Priklausomai nuo augalo dalies, kurią jis dengia, odos audinių sistema tam tikru laipsniu gali būti specializuota. Pavyzdžiui, augalo epidermis lapai išskiria dangą, vadinamą odelėmis, kuri padeda augalui išlaikyti vandenį. Augalų lapuose ir stiebuose esantis epidermis taip pat turi poras, vadinamas stomata. Apsauginės ląstelės epidermyje reguliuoja dujų mainus tarp augalo ir aplinkos, kontroliuodamos stomatų angų dydį.
peridermas, taip pat vadinama žievė, pakeičia epidermį augaluose, kuriuose auga antrinis augimas. Peridermas yra daugiasluoksnis, o ne vienasluoksnis epidermis. Jį sudaro kamštienos ląstelės (ferma), phelloderm ir phellogen (kamštienos kambaumas). Kamštinės ląstelės yra negyvos ląstelės, apimančios stiebų ir šaknų išorę, kad apsaugotų augalą ir užtikrintų jo izoliaciją. Peridermas apsaugo augalą nuo patogenų, sužalojimų, apsaugo nuo per didelių vandens nuostolių ir izoliuoja augalą.
Ksilemas ir phloem visame augale sudaro kraujagyslių audinių sistemą. Jie leidžia pernešti vandenį ir kitas maistines medžiagas visame augale. Ksilemą sudaro dviejų tipų ląstelės, vadinamos tracheidais ir kraujagyslių elementais. Tracheidai ir kraujagyslių elementai sudaro vamzdžio formos struktūras, suteikiančias kelią vandeniui ir mineralams keliauti iš šaknų į lapai. Nors tracheidų yra visose kraujagyslių augalailaivai randami tik angiospermos.
Phloem daugiausia sudarytas iš ląstelių, vadinamų sieto vamzdelio ląstelėmis, ir jų ląstelių. Šios ląstelės padeda pernešti cukrų ir maistines medžiagas, gaminamas fotosintezės metu iš lapų į kitas augalo dalis. Nors tracheidinės ląstelės negyvenamos, gyvena sietinės vamzdelio ir papildomos filemo ląstelės. Papildomos ląstelės turi branduolys ir aktyviai transportuoti cukrų į sietų vamzdelius ir iš jų.
Žemės audinių sistema sintezuoja organinius junginius, palaiko augalą ir suteikia augalui atsargų. Jį daugiausia sudaro: augalų ląstelės vadinamos parenchimos ląstelėmis, bet taip pat gali apimti kai kurias kollenchimo ir sklerenchimos ląsteles. Parenchima ląstelės sintetina ir kaupia organinius produktus a augalas. Šiose ląstelėse vyksta didžioji dalis augalų metabolizmo. Parenchimos ląstelės lapuose kontroliuoja fotosintezę. Kollenchima ląstelės atlieka atraminę funkciją augaluose, ypač jaunuose augaluose. Šios ląstelės padeda palaikyti augalus, nevaržydamos augimo, nes neturi antrinių ląstelių sienos ir kietiklio nebuvimo jų pirminėse ląstelių sienose. Sclerenchima ląstelės taip pat atlieka atraminę funkciją augaluose, tačiau, skirtingai nuo kollenchimo ląstelių, jos turi kietėjimo agentą ir yra daug tvirtesnės.
Augalo, kuriame auga augalas, plotai mitozė yra vadinami meristemomis. Augalai augina du tipus: pirminį ir (arba) antrinį. Pirminio augimo metu augalų stiebai ir šaknys pailgėja ląstelė plėtra, o ne naujų ląstelių gamyba. Pirminis augimas vyksta tose vietose, kurios vadinamos viršūninėmis meristemomis. Šis augimo būdas leidžia augalams pailgėti ir išplėsti šaknis giliau į dirvą. Visų augalų pirminis augimas. Augalai, kuriuose auga antrinis augimas, pavyzdžiui, medžiai, turi šonines meristemas, kurios gamina naujas ląsteles. Šios naujos ląstelės padidina stiebų ir šaknų storį. Šonines meristemas sudaro kraujagyslinis kambaumas ir kamščio kampis. Būtent kraujagyslinis kambaumas yra atsakingas už ksilemo ir floemo ląstelių gamybą. Kamštinė kambauma susidaro subrendusiuose augaluose ir duoda žievę.