Ginkluotą sukilimą prieš Assadą pirmiausia organizavo armijos karininkai, kurie 2011 m. Vasarą įkūrė laisvą Sirijos armiją. Jų gretas netrukus sutelkė tūkstančiai savanorių, kai kurie norėjo apginti savo miestus nuo režimo žiaurumo, kiti taip pat yra skatinami ideologinio pasipriešinimo Assado pasaulietinei diktatūrai.
Nors visa politinė opozicija atspindi Sirijos skerspjūvį religiškai įvairi visuomenė, ginkluotą sukilimą daugiausia skatina Sunitų arabų dauguma, ypač mažas pajamas gaunančiose provincijose. Sirijoje taip pat yra tūkstančiai užsienio kovotojų, sunitų musulmonų iš įvairių šalių, atvykusių prisijungti prie įvairių islamistų sukilėlių būrių.
Sukilimas iki šiol nesugebėjo sukurti visapusiškos politinės programos, apibrėžiančios Sirijos ateitį. Sukilėliai turi bendrą tikslą panaikinti Assado režimą, tačiau apie tai viskas. Didžioji dauguma Sirijos politinės opozicijos teigia, kad nori demokratinės Sirijos, ir daugelis sukilėlių iš principo sutinka, kad po Assado sistemos pobūdis turėtų būti nuspręsta laisvuose rinkimuose.
Tačiau jaučiama sunki sunitų islamistų, norinčių įkurti fundamentalistinę islamo valstybę, srovė (nepanaši į Talibano judėjimas Afganistane). Kiti nuosaikesni islamistai nori sutikti su politiniu pliuralizmu ir religine įvairove. Bet kokiu atveju, griežti sekuliaristai, pasisakantys už griežtą religijos ir valstybės padalijimą, yra mažuma sukilėlių gretose. Dauguma milicijos narių laikosi Sirijos nacionalizmo ir islamistų šūkių.
Centrinės vadovybės nebuvimas ir aiški karinė hierarchija yra viena pagrindinių sukilėlių judėjimo silpnybių po to, kai Laisvoji Sirijos armija nesugebėjo sudaryti oficialios karinės vadovybės. Didžiausia Sirijos politinės opozicijos grupė - Sirijos nacionalinė koalicija - taip pat neturi jokių svertų ginkluotoms grupėms, nes tai padidina konflikto galimybes.
Maždaug 100 000 sukilėlių yra padalijami į šimtus nepriklausomų milicijų, kurios gali koordinuoti operacijas vietos lygiu, tačiau išlaiko atskiras organizacines struktūras, intensyviai konkuruodamos dėl teritorijos ir teritorijos kontrolės ištekliai. Atskiros milicijos pamažu jungiasi į didesnes, laisvesnes karines koalicijas, tokias kaip Islamo išsivadavimo frontas ar Sirijos islamo frontas, tačiau procesas vyksta lėtai.
Ideologiniai susiskaldymai, tokie kaip islamistas vs. pasaulietinės dažnai būna neryškios, kovotojai plūsta į vadus, kurie gali pasiūlyti geriausią ginklą, nepaisant jų politinės žinios. Kol kas dar per anksti pasakyti, kas galiausiai dominuos.
JAV valstybės sekretorius Johnas Kerry 2013 m. Rugsėjo mėn. Teigė, kad islamistiniai ekstremistai sudaro tik 15–25% sukilėlių pajėgų. Tuo pat metu paskelbtame „Jane’s Defense“ atliktame tyrime nustatyta, kad „Al Qaeda“ siejamų „džihadistų“ skaičius siekia 10 000, su kiti 30–35 000 „griežtos linijos islamistų“, kurie, nors ir formaliai neprilygę „Al Qaeda“, turi panašią ideologinę perspektyvą.
Pagrindinis skirtumas tarp dviejų grupių yra tas, kad nors „džihadistai„Kovą su Assadu vertinkite kaip platesnio konflikto prieš šiitus (ir galiausiai Vakarus) dalį, kiti islamistai yra orientuoti tik į Siriją.
Kad reikalai būtų sudėtingesni, du sukilėlių būriai, kurie pretenduoja į „Al Qaeda“ reklaminė antraštė - „Al Nusra Front“ ir Irako islamo valstybė bei Levantas - nėra draugiškomis sąlygomis. Kai kuklesnės sukilėlių grupuotės vienijasi su Al Qaeda susijusiomis grupėmis kai kuriose šalies vietose, kitose vietose didėja įtampa ir vyksta realios kovos tarp konkuruojančių grupių.
Kalbant apie finansavimą ir ginklus, kiekviena sukilėlių grupė stovi atskirai. Pagrindines tiekimo linijas teikia Sirijos opozicijos rėmėjai, įsikūrę Turkijoje ir Libane. Sėkmingesnės milicijos, kontroliuojančios didesnius teritorijos plotus, renka „mokesčius“ iš vietinių verslininkų savo veiklai finansuoti ir labiau linkusios gauti privačias aukas.
Tačiau griežtos linijos islamistų grupuotė taip pat gali atsitraukti į tarptautinius džihadistų tinklus, įskaitant turtingus prijaučiančius Arabų įlankos šalyse. Dėl to pasaulietinės grupės ir nuosaikūs islamistai atsiduria nemažoje padėtyje.
Sirijos opozicija yra remia Saudo Arabija, Kataras ir Turkija, tačiau JAV iki šiol uždengė ginklų gabenimą sukilėliams Sirijos viduje, iš dalies bijodama, kad jie pateks į ekstremistinių grupuočių rankas. Jei JAV nuspręs išplėsti savo įsitraukimą į konfliktą, ji turės pasirinkti sukilėlį vadai, kuriais jis gali pasitikėti, o tai, be abejo, dar labiau įpūs konkurentų maištininkų konfrontaciją vienetų.