Ankstyviausi abiejų šalių kontaktai buvo per prekybininkus ir tyrinėtojus. Vėliau, 1800 m. Viduryje, keli JAV atstovai išvyko į Japoniją derėtis dėl prekybos susitarimų, įskaitant 1852 m. Komodorą Matthew Perry, kuris derėjosi dėl prekybos susitarimų. pirmoji prekybos sutartis ir Kanagavos konvencija. Panašiai 1860 m. Japonijos delegacija atvyko į JAV tikėdamasi sustiprinti abiejų šalių diplomatinius ir prekybinius ryšius.
Antrasis Pasaulinis Karas pamatė, kaip šalys viena prieš kitą traukiasi po to, kai 1941 m. japonai bombardavo Amerikos jūrų bazę Pearl Harbor mieste, Havajuose. Karas baigėsi 1945 m., Kai Japonija patyrė didžiulį priežastį atominis sprogimas Hirosimos ir Nagasakio bei gaisro sprogdinimas Tokijuje.
1945 m. Rugpjūčio 14 d. Japonija pasidavė pergalingų sąjungininkų pajėgų okupacijai. Įgijęs Japonijos kontrolę, JAV prezidentas Haris Trumanas paskirtas generolu Douglasas MacArthuras kaip Japonijos sąjungininkų pajėgų vyriausiasis vadas. Sąjungininkų pajėgos dirbo rekonstruodamos Japoniją, taip pat įtvirtindamos politinį teisėtumą viešai stodamos į imperatoriaus Hirohito pusę. Tai leido
„MacArthur“ dirbti politinėje sistemoje. Iki 1945 m. Pabaigos Japonijoje dirbo apie 350 000 JAV karių, dirbančių įgyvendinant įvairius projektus.Aljanso valdomoje Japonijoje įvyko puikus pertvarka, kuriai būdingi naujoji Japonijos konstitucija kurioje buvo pabrėžiami demokratiniai principai, švietimo ir ekonominės reformos bei demilitarizacija, įtvirtinta naujojoje Japonijos konstitucijoje. Vykdydami reformas, MacArthur pamažu perėmė japonų politinę kontrolę, kurios kulminacija buvo 1952 m. San Francisko sutartis, oficialiai nutraukusi okupaciją. Ši sistema buvo artimų abiejų šalių santykių, kurie tęsiasi iki šiol, pradžia.
Laikotarpiui po San Fransisko sutarties buvo būdingas glaudus abiejų bendradarbiavimas šalių, japonų kvietimu Japonijoje liko 47 000 JAV karių vyriausybė. Ekonominis bendradarbiavimas taip pat vaidina svarbų vaidmenį santykiuose su JAV, teikiančiais Japonijai dideles pagalbos sumas pokario laikotarpiais, nes Japonija tapo sąjungininke Šaltasis karas. Ši partnerystė paskatino Japonijos ekonomikos, kuri išlieka viena iš stipriausių regiono ekonomikų, atsinaujinimą.