Daugelis junginių išvalomi kristalinant iš vandeninio tirpalo. Į kristalą neįeina daugybė teršalų, tačiau vanduo gali tilpti į kristalinę gardelę be cheminio ryšio su junginio katijonu. Šiluma gali išstumti šį vandenį, tačiau paprastai jis pažeidžia kristalinę struktūrą. Tai gerai, jei tikslas yra gauti gryną junginį. Tai gali būti nepageidautina auginant kristalus kristalografijai ar kitiems tikslams.
Kartais abi formos yra derinamos. Pavyzdžiui, [Cu (H2O)4] SO4· H2O gali būti naudojamas apibūdinti vario (II) sulfato kristalizacijos vandenį.
Vanduo yra maža, poliarinė molekulė, lengvai įtraukiama į kristalų gardelius, tačiau tai nėra vienintelis tirpiklis, randamas kristaluose. Iš tikrųjų dauguma tirpiklių didžiąja ar mažesne dalimi išlieka kristaluose. Dažnas pavyzdys yra benzenas. Norėdami sumažinti tirpiklio poveikį, chemikai paprastai stengiasi kuo daugiau pašalinti, naudodamiesi ekstrakcija vakuume, ir gali pašildyti mėginį, kad pašalintų likusį tirpiklį. Rentgeno kristalografija dažnai gali aptikti tirpiklį kristaluose.