Molekuliniuose junginiuose yra du ar daugiau nemetalų (ne amonio joną). Paprastai galite atpažinti molekulinį junginį, nes pirmasis junginio pavadinimo elementas yra metalas. Kai kuriuose molekuliniuose junginiuose yra vandenilio, tačiau, jei matote junginį, prasidedantį raide „H“, galite manyti, kad tai yra rūgštis, o ne molekulinis junginys. Junginiai, sudaryti tik iš anglies ir vandenilio, vadinami angliavandeniliais. Angliavandeniliai turi savo specialią nomenklatūrą, todėl jie traktuojami skirtingai nei kiti molekuliniai junginiai.
Nemetalai gali derėti įvairiais santykiais, todėl svarbu, kad molekulinio junginio pavadinimas nurodytų, kiek junginių yra kiekvieno tipo elemento atomai. Tai atliekama naudojant priešdėlius. Jei yra tik vienas pirmojo elemento atomas, priešdėlis nenaudojamas. Įprasta priešdėlio pavadinti antrojo elemento atomą su mono-. Pavyzdžiui, CO yra vadinamas anglies monoksidu, o ne anglies oksidu.
Kovalento junginio formulę galite parašyti iš jo pavadinimo, parašydami pirmo ir antro elemento simbolius ir versdami priešdėlius į prenumeratas. Pavyzdžiui, ksenono heksafluoridas būtų parašytas XF
6. Įprasta, kad studentams sunku rašyti formules iš junginių pavadinimų, nes joniniai junginiai ir kovalentiniai junginiai dažnai yra painiojami. Nesubalansuoja kovalentinių junginių krūviai; jei junginyje nėra metalo, nemėginkite to subalansuoti!