Ispanijos konkistadorai pasiekė Salų salas Filipinai 1521 m. Jie pavadino šalį po to Karalius Pilypas II Ispanijos 1543 m., skubiai kolonizuodamas salyną, nepaisant tokių nesėkmių kaip 1521 m. mirtis Ferdinandas Magellanas, nužudytas mūšyje dėl Lapu-Lapu kariuomenės Maktano saloje.
Nuo 1565 iki 1821 metų Naujosios Ispanijos vicekarališkumas valdė Filipinus nuo Meksiko miesto. 1821 m. Meksika tapo nepriklausoma, o Ispanijos vyriausybė Madride tiesiogiai perėmė Filipinų kontrolę.
1821–1900 m. Filipinų nacionalizmas įsišaknijo ir išaugo į aktyvią antiimperialinę revoliuciją. Kai JAV nugalėjo Ispaniją Ispanijos ir Amerikos karas 1898 m. Filipinai neįgavo savo nepriklausomybės, bet tapo amerikiečio nuosavybe. Dėl to partizaninis karas prieš užsienio imperializmą tiesiog pakeitė savo įniršio tikslą iš Ispanijos valdžios į Amerikos valdžią.
Trys pagrindiniai lyderiai įkvėpė Filipinų nepriklausomybės judėjimą arba jam vadovavo. Pirmieji du - Jose Rizal ir Andresas Bonifacio - už tai suteiks savo jauniems gyvybes. Trečiasis Emilio Aguinaldo ne tik išgyveno tapdamas pirmuoju Filipinų prezidentu, bet ir išgyveno 90-ųjų viduryje.
Jose Rizalas buvo puikus ir daug talentingas vyras. Jis buvo gydytojas, rašytojas ir novelistas, ir La Liga, taiki antikolonijinė spaudimo grupė, susitikusi tik vieną kartą 1892 m., prieš Ispanijos valdžia areštavusi Rizal.
Jose Rizalas įkvėpė savo pasekėjus, įskaitant ugningą sukilėlį Andresą Bonifacio, kuris dalyvavo tame vieninteliame originaliame „La Liga“ susitikime ir atkūrė grupę po Rizalio arešto. Bonifacio ir du bendraminčiai taip pat mėgino išgelbėti „Rizal“ iš Ispanijos laivo Manilos uoste 1896 m. Vasarą. Tačiau iki gruodžio mėn. 35-erių Rizalis buvo teisiamas fiktyviame kariniame tribunole ir įvykdytas Ispanijos šaudymo būrio.
Andresas Bonifacio iš skurstančios žemutinės vidurinės klasės šeimos Maniloje prisijungė prie Jose Rizalio taikią „La Liga“ grupę, tačiau taip pat manė, kad ispanus iš Filipinų turi išvežti jėga. Jis įkūrė „Katipunan“ sukilėlių grupę, kuri 1896 m. Paskelbė nepriklausomybę nuo Ispanijos ir apsupo Manilą partizanų kovotojais.
Bonifacio padėjo organizuoti ir sustiprinti priešinimąsi Ispanijos valdžiai. Jis pasiskelbė naujai nepriklausomų Filipinų prezidentu, nors jo reikalavimo nepripažino nė viena šalis. Tiesą sakant, net kiti filipiniečių sukilėliai užginčijo Bonifacio teisę į prezidento postą, nes jaunasis lyderis neturėjo aukštojo mokslo laipsnio.
Praėjus vieneriems metams po to, kai prasidėjo Katipunano judėjimas, Andrejus Bonifacio, būdamas 34 metų, mirties bausmę įvykdė sukilėlis Emilio Aguinaldo.
Emilio Aguinaldo šeima buvo gana turtinga ir turėjo politinę valdžią Cavite mieste, siaurame pusiasalyje, kuris patenka į Manilos įlanką. Palyginti privilegijuota Aguinaldo padėtis suteikė jam galimybę įgyti gerą išsilavinimą, kaip tai padarė Jose Rizalis.
Aguinaldo prisijungė prie Andreso Bonifacio „Katipunan“ judėjimo 1894 m. Ir tapo Cavite srities generolu, kai 1896 m. Prasidėjo atviras karas. Jis turėjo geresnę karinę sėkmę nei Bonifacio ir pažvelgė į paties paskirtą prezidentą dėl jo stokos.
Ši įtampa kilo į galvą, kai Aguinaldo sukėlė rinkimus ir paskelbė save prezidentu vietoje Bonifacio. Tų pačių metų pabaigoje Aguinaldo būtų padaręs Bonifacio mirties bausmę po fiktyvaus teismo.
Aguinaldo išvyko į tremtį 1897 m. Pabaigoje, pasidavęs ispanams, tačiau buvo sugrąžintas į Filipinai 1898 m. amerikiečių pajėgos įsitraukė į kovą, kuri po beveik keturių šimtmečių išstūmė Ispaniją. Aguinaldo buvo pripažintas pirmuoju nepriklausomos Filipinų Respublikos prezidentu, tačiau buvo vėl įsitraukęs į kalnus kaip sukilėlių vadas, kai įsivėlė Filipinų ir Amerikos karas 1901.