Tarp daugybės pasirinkimų šios penkios dėmės yra dažniausios, pradedant etiidžio bromidu, kuris yra plačiausiai naudojamas. Dirbant su šiuo procesu, svarbu ne tik žinoti dėmių skirtumus, bet ir būdingą pavojų sveikatai.
Etidžio bromidas yra greičiausiai labiausiai žinomas dažiklis, naudojamas vizualizuoti DNR. Jis gali būti naudojamas gelio mišinyje, elektroforezės buferyje arba dažant gelį po jo naudojimo.
Dažiklio molekulės prilimpa prie DNR sruogų ir fluorescuoja UV šviesoje, tiksliai parodydamos, kur juostos yra gelyje. Nepaisant pranašumo, neigiama yra tai, kad etidžio bromidas yra potencialus kancerogenas, todėl su juo reikia elgtis labai atsargiai.
SYBR aukso dažai gali būti naudojami dažyti dvigubą ar viengrandę DNR arba dažyti RNR. „SYBR Gold“ pateko į rinką kaip viena pirmųjų etidžio bromido alternatyvų ir laikoma jautresne.
Nesusietos molekulės fluorescencija yra tokia maža, todėl nusivalyti nereikia. Licencijos turėtojai taip pat (nuo „SYBR Gold“ pasirodymo) sukūrė ir rinko „SYBR Safe“ ir „SYBR Green“, kurie yra saugesnės etidžio bromido alternatyvos.
SYBR Green I ir II dėmės (vėlgi, parduodamos „Molecular Probes“) yra optimizuotos įvairiems tikslams. Kadangi jie jungiasi prie DNR, jie vis dar laikomi galimais mutagenais ir dėl to su jais turėtų būti elgiamasi atsargiai.
SYBR Green I yra daugiau jautrus skirtas naudoti su dviguba grandine DNR, tuo tarpu „SYBR Green II“ yra geriausia skirtas naudoti su vienos grandinės DNR arba RNR. Kaip ir populiari dėmė etidžio bromido, šios ypač jautrios dėmės fluorescuoja UV šviesoje.
Tiek SYBR Green I, tiek II gamintojas rekomenduoja naudoti su „254 nm epi apšvietimu Polaroid 667 juoda ir balta plėvelė ir fotografinis filtras „SYBR Green“ geliniu dėmių fotografijos filtru “, kad būtų galima aptikti 100 pg RNR arba vienos grandinės DNR kiekviename juosta.
„SYBR Safe“ buvo sukurta kaip saugesnė alternatyva etidžio bromido ir kitoms SYBR dėmėms. Tai nėra laikoma pavojingomis atliekomis ir paprastai gali būti šalinama per įprastas kanalizacijos sistemas (t. Y. Per kanalizaciją), nes toksiškumo bandymai rodo, kad ūmaus toksiškumo nėra.
Testavimas taip pat nurodo yra mažai arba visai nėra genotoksiškumo Sirijos žiurkėno embriono (SHE) ląstelėms, žmogaus limfocitams, pelės limfomos ląstelėms arba tai pažymėta AMES teste. Dėmę galima naudoti su mėlynos šviesos transilluminatoriumi, kuris padaro mažiau žalos vizualizuojamai DNR ir suteikia didesnį efektyvumą vėlesniam klonavimui.
Tai taip pat geras pasirinkimas, jei DNR atstatymui naudojate gelius, kurių lydymosi temperatūra maža. Jis yra labai stabilus aukštoje temperatūroje ir turi labai mažą fluorescenciją, tačiau yra labai fluorescuojantis, kai yra sujungtas su DNR. Taip pat buvo įrodyta, kad Eva Green citotoksiškumas yra labai mažas arba jo visai nėra, arba mutageniškumas.